问题已经解决 感谢官方人员的帮忙。
一些写一下提交360手机助手的注意点：
1.如果APP中没有发送短信和读取短信的功能请把manifest.json文件中的permissions>messaging节点删除。如果有的话需要和360申明一下。
2. 如果第一次提交应为messaging问题的话，第二次记得把code的版本提高，否则还是会无法通过的。

想要看看应用是否符合要求，可以先在360加固中上传apk，这样可以快速的发现应用是否符合360审核要求。以上是此次发布360手机助手遇到的问题和解决方案。